Służba Pierwszym i jedynym dowódcą był kmdr. por. Isamu Fujita. Po wejściu do służby okręt został przydzielony do 10. Dywizjonu niszczycieli działającego w składzie 10. Flotylli niszczycieli 1. Floty PowietrznejAllyn D. Nevitt: IJN Makigumo: Tabular Record of Movement. Pierwszą akcją okrętu była eskorta lotniskowców podczas bitwy pod Midway 3-5 czerwca 1942. Wraz z „Kazagumo” asystował uszkodzonemu lotniskowcowi „Hiryū”, a następnie przejmował z niego załogę i 5 czerwca o 5.10 rano za pomocą dwóch torped wz. 93 zatopił lotniskowiec „Hiryū”Craig Symonds: The Battle of Midway, s. 339Anthony P. Tully: IJN Hiryu: Tabular Record of Movement. Doznał niewielkich uszkodzeń masztu przy podejściu do burty „Hiryu”. 15 czerwca 1942 roku załoga niszczyciela dopuściła się zbrodni wojennej, wyrzucając za burtę okrętu dwóch podjętych z wody amerykańskich lotników z bombowca nurkującego Douglas SBD Dauntless z eskadry VS-6 lotniskowca USS „Enterprise” (CV-6). Piloci Ci – Frank O’Flaherty i Bruno Gaido – zostali zestrzeleni lub zmuszeni do przymusowego wodowania z braku paliwa po ataku VS-6 na lotniskowiec „Kaga”, zostali następnie podjęci z wody przez niszczyciel „Makigumo”, po czym poddani na pokładzie torturom. 15 czerwca obaj zostali wyrzuceni za burtę z przywiązanymi do ich nóg obciążeniami.