Po dojściu Hitlera do władzy rozpoczął aktywną działalność w ruchu chrześcijańskim. Swoim opozycyjnym nastawieniem naraził się władzom hitlerowskim. W listopadzie 1936 chciano go przenieść przymusowo do Jeny. On jednak przeprowadził się w 1937 do Fryburga. Został też aresztowany, ale oskarżenie oddalono.

We Fryburgu, wraz z dwoma kolegami ekonomistami Adolfem Lampe i Walterem Euckenem, założył koło dyskusyjne, zwane potem Freiburger Kreis. Nawiązali kontakt z opozycją antyhitlerowską, w tym Carlem Friedrichem Goerdlerem. W 1943 wraz z Dietrichem Bonhoefferem i Gerhardem Ritterem opracowywał plany powojennego ustroju Niemiec, opartego na doktrynie chrześcijańskiej.

Z powodu swojej działalności został aresztowany we wrześniu 1944 i skazany za zdradę stanu. Zamknięto go w obozie koncentracyjnym w Ravensbrück a potem w więzieniu w Berlinie. Uwolniono go w maju 1945, w ostatnich dniach wojny, gdy Armia Czerwona oblegała Berlin.

17 czerwca 1945 wrócił do Fryburga i rozpoczął aktywną działalność akademicką. W latach 1946–1949 był rektorem i dyrektorem Instytutu Nauk Rolniczych. Założył Towarzystwo Badawcze Polityki Rolnej i Socjologii Rolnictwa, którego był przewodniczącym.