W 1974 był jednym z założycieli Instytutu Narodów Zjednoczonych ds. Namibii (UNIN), organu ds. edukacji dla okupowanej Namibii z siedzibą w Lusace. W jego strukturach pełnił funkcję wicedyrektora i szefa Departamentu Nauk Historycznych i Politycznych w latach 1976-1981. Od 1981 do 1991 zajmował stanowisko sekretarza ds. informacji SWAPO. Od 1978 do 1990 wchodził w skład zespołu negocjacyjnego, zajmującego się Planem ONZ na rzecz Niepodległości Namibii.
W latach 1989–1990 był członkiem Zgromadzenia Konstytucyjnego Namibii, którego celem było opracowanie konstytucji kraju i organizacja wyborów. Po uzyskaniu przez Namibię niepodległości w marcu 1990, wszedł w skład Zgromadzenia Narodowego z ramienia SWAPO. Od 1990 do 15 kwietnia 1993 zajmował stanowisko ministra informacji i środków przekazu. Od kwietnia 1993 do 27 sierpnia 2002 pełnił funkcję ministra handlu i przemysłu. 27 sierpnia 2002 został mianowany ministrem spraw zagranicznych.
W 2004 Hamutenya postanowił ubiegać się o nominację SWAPO w nadchodzących wyborach prezydenckich. 24 maja 2004 prezydent Sam Nujoma usunął go ze stanowiska szefa dyplomacji.