W sezonie 2011/2012 podczas zawodów w Novym Mescie miała wypadek na trasie. Na ostatnim kilometrze upadła i doznała urazu głowy. Lekarze stwierdzili, że ma lekkie wstrząśnienie mózgu, co uniemożliwiło jej występ w zawodach Pucharu Świata w Szklarskiej Porębie.
Po sezonie 2011/2012, słabym dla Maciuszek, nastąpiła zmiana trenera kadry. Wiesława Cempę, z którym Maciuszek była w konflikcie, zastąpił Ivan Hudač.
Sezon 2012/2013 rozpoczęła sezon biegiem na 10 km techniką dowolną w Gällivare, gdzie zajęła 54. pozycję. Podczas następnego pucharowego startu w Ruce w sprincie była 83., następnego dnia przybiegła na 31. miejscu, a klasyfikacji generalnej Ruka Triple była 54. W następnych zawodach Pucharu Świata, w kanadyjskim Canmore, zapunktowała przybiegając na 27. miejscu. W Tour de Ski 2012/2013 w ogólnej klasyfikacji była 40.
Uczestniczyła w mistrzostwach świata w Val di Fiemme. Rozpoczęła je sprintem stylem klasycznym, w którym była 56. W następnym biegu (łączonym) zajęła 28. miejsce. 34. miejsce zajęła w biegu na 10 km stylem dowolnym. Ostatnim startem Maciuszek był bieg sztafetowy w którym startowała na 3 zmianie. Po biegu Justyny Kowalczyk na drugiej zmianie Polki były na 1. miejscu, lecz Paulina Maciuszek pobiegła na trzeciej zmianie słabo i Polski spadły na 9.