Po II wojnie światowej i wysiedleniach Ukraińców w latach 40. XX wieku obiekt sakralny został porzucony. W kwietniu 1947 w Dołhobyczowie pozostało jeszcze 386 prawosławnych, zaś w całym powiecie ich liczbę szacowano na 865 osób. W związku z tym PAKP ubiegał się o zachowanie parafii dołhobyczowskiej, jednak nie otrzymał zgody na rejestrację czynnej cerkwi. Z tego samego roku pochodzi okólnik Wydziału Społeczno-Politycznego Urzędu Wojewódzkiego w Lublinie, który negatywnie odnosił się do otwierania jakichkolwiek świątyń prawosławnych w powiecie. Ich działanie miałoby bowiem przyczyniać się do jego ukrainizacji. Obecność wyznawców prawosławia w Dołhobyczowie, spotykających się na modlitwę w prywatnych domach, odnotowano także po 1947.
Galeria
Dewastacja. Próby odzyskania świątyni Opuszczona świątynia przeszła na własność Skarbu Państwa. Do 1956 użytkowała ją gminna spółdzielnia „Samopomoc Chłopska”. W wymienionym roku Polski Autokefaliczny Kościół Prawosławny ponownie ubiegał się o odzyskanie budowli i utworzenie filii parafii w Hrubieszowie, jednak władze wydały w tej sprawie odpowiedź odmowną, twierdząc, że w miejscowości przebywa zbyt mała liczba wiernych i że nie będą oni w stanie utrzymać cerkwi. Wpływ na negatywną decyzję miała zła opinia wystawiona przez lubelski Urząd ds. Wyznań ks. M.