Obiekt został zamknięty dla celów kultowych w 1945 i przez kolejne dziesięciolecia pełnił funkcje magazynu. Część wyposażenia przewieziono do nowo tworzonej cerkwi Świętych Piotra i Pawła w Słupsku, inne elementy zostały rozkradzione, freski we wnętrzu cerkwi uległy zniszczeniu. Obiekt był remontowany dopiero po 1990, zaś na początku XXI w. stał się ponownie własnością Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego. W 2022 r. został przywrócony do użytku liturgicznego po gruntownym remoncie.
Historia Parafia prawosławna Pierwsza cerkiew w Dubience została wzniesiona w 1599, po nadaniu miejscowości praw miejskich. Mimo faktu, że prawosławny biskup chełmski Dionizy przyjął w 1596 unię, co pociągało za sobą zmianę przynależności jurysdykcyjnej całej administratury, świątynia ta prawdopodobnie w momencie wyświęcenia należała do Cerkwi prawosławnej.