Zanim jednak jego studia przyniosły owoce, Związek Niemiecki zdecydował o oddaniu Danii spornego regionu. Bauer zrezygnował więc ze dotychczasowej służby i zaciągnął się do armii Schleswigu-Holsteinu. Z trudnością przychodziło mu przekonanie administracji wojskowej do swoich planów i zdobycie funduszy. Dzięki pomocy m.in. Wernera von Simensa otrzymał jednak niewielką sumę pieniędzy na skonstruowanie modelu swojego okrętu podwodnego.
Brandtaucher thumb|Skizze des Brandtaucher thumb|„Brandtaucher” w muzeum w Dreźnie thumb|Przekrój jednostki (muzeum w Dreźnie)
Pomysł Bauera opierał się na sprawdzonej koncepcji branderów – umyślnie podpalanych jednostek wypełnionych łatwopalnymi materiałami, puszczanych z wiatrem lub prądem w stronę floty przeciwnika. W zamyśle okręt miał zbliżać się pod powierzchnią wody do okrętu nieprzyjaciela, jego załoga mocowałaby do kadłuba minę i detonowałaby ją z bezpiecznej odległości (na podobnej zasadzie opierały się inne konstrukcje z tamtego okresu: „Turtle” czy późniejszy „H.L. Hunley”).