W wyniku zaistniałej sytuacji książęta halicko-wołyńscy rozpoczęli starania o utworzenie nowej, drugiej metropolii na Rusi z siedzibą w Kijowie, na co patriarcha Konstantynopola wyraził zgodę.
W 1448 roku metropolia moskiewska uzyskała niezależność od Patriarchatu Konstantynopolitańskiego (status autokefalii), a metropolita Jonasz tytuł Metropolity Moskwy i Wszechrusi. Działo się to zaledwie na 5 lat przed upadkiem Konstantynopola, toteż Moskwa zaczęła być postrzegana jako sukcesorka jego tradycji, co zrodziło pojęcie Trzeciego Rzymu. W 1589 roku metropolita Jow stał się pierwszym patriarchą Moskwy i Wszechrusi. Odtąd Rosyjski Kościół Prawosławny zajmuje piąte miejsce w dyptychu Kościołów prawosławnych, tuż po czterech patriarchatach starożytnych. W ciągu następnych lat wraz z osłabianiem się potęgi domu carskiego patriarchowie (zwłaszcza Hermogen i Filaret) stali się wpływowymi figurami w państwie.
Ruscy hierarchowie ponawiali próby przywrócenia jedności z Rzymem i w 1596 r. zawarli unię brzeską. Na jej mocy Cerkiew prawosławna na terytorium Rzeczypospolitej Obojga Narodów przyjęła zwierzchnictwo papieża, zachowując jednak własną strukturę administracyjną oraz wschodnią liturgię.