Postępowania karne W styczniu 2007 został wydany europejski nakaz aresztowania byłego senatora w związku z podejrzeniem popełnienia przezeń przestępstw korupcyjnych. W listopadzie 2007 Henryk Stokłosa został zatrzymany na podstawie ENA w okolicach Hamburga, a w grudniu 2007 przewieziony do Polski. W grudniu 2008 Sąd Apelacyjny w Poznaniu uchylił decyzję Sądu Okręgowego w Poznaniu przedłużającą okres tymczasowego aresztowania Henrykowi Stokłosie, stosując jednocześnie 3 mln zł poręczenia majątkowego, zatrzymanie paszportu i zakaz opuszczania kraju tytułem środków zapobiegawczych.
W lutym 2013 Sąd Okręgowy w Poznaniu uniewinnił byłego senatora od części czynów (w tym tzw. wątku ekologicznego, co było potem przedmiotem kasacji i uchylenia orzeczenia przez Sąd Najwyższy). Sąd ten skazał natomiast Henryka Stokłosę w pierwszej instancji na karę łączną ośmiu lat pozbawienia wolności oraz na grzywnę w kwocie 600 tys. zł. W marcu 2014 Sąd Apelacyjny w Poznaniu uchylił to orzeczenie w części skazującej i sprawę skierował do ponownego rozpoznania. Postępowanie co do zarzutów korupcyjnych umorzono w 2015 na skutek przedawnienia.