W czasie wojny zginęli wszyscy duchowni radcy Konsystorza. Spośród 17 wybieranych polskich członków Synodu – ośmiu duchownych i dziewięciu świeckich – do drugiej połowy 1945 roku przeżyło trzech duchownych i sześciu świeckich, natomiast los jednej osoby pozostał nieznany.
Aresztowania i deportacje polskich pastorów doprowadziły do rozbicia struktur wielu parafii. W części z nich usuniętych polskich duchownych zastępowali duchowni niemieccy. Ograniczano możliwość odprawiania nabożeństw i prowadzenia działalności kościelnej w języku polskim. Konfiskowano również majątek kościelny oraz ograniczano działalność szkół i instytucji prowadzonych przez Kościół.
Kościół Ewangelicko-Augsburski w Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej 1945–1989
Po 1945 roku Kościół znalazł się w nowej sytuacji terytorialnej i społecznej. W granicach Polski znalazły się Ziemie Odzyskane, na których przed wojną działały liczne niemieckie parafie ewangelickie, natomiast Kościół utracił swoje struktury na dawnych ziemiach wschodnich.