Budowla została uszkodzona podczas I wojny światowej. W niepodległej Polsce funkcjonowała początkowo jako filia parafii św. Michała Archanioła w Bielsku Podlaskim, a od 1929 – ponownie jako cerkiew parafialna. Poważne straty poniosła w czasie II wojny światowej, gdy na skutek niemieckiego ostrzału zawaliły się obie wieże i dach. W 1943 została prowizorycznie zrekonstruowana. Pierwotny wygląd obiektu przywrócono w czasie gruntownej renowacji w latach 1999–2002. Jest to jedyna na terenie Podlasia prawosławna murowana cerkiew dwuwieżowa.
Historia Pierwsza cerkiew prawosławna Cerkiew prawosławna prawdopodobnie istniała w Boćkach od początku istnienia osady. W 1509 miejscowość tę otrzymał wojewoda podlaski Jan Sapieha, który nadał jej prawa miejskie i ufundował nowy prawosławny obiekt sakralny. W nim też został w 1520 pochowany. W 1577 w źródłach odnotowano, że parafia tego wyznania posiadała w Boćkach znaczące dobra, w tym domy na terenie miasta. Po unii brzeskiej placówka duszpasterska przyjęła jej postanowienia. Nastąpiło to prawdopodobniej do końca I połowie XVII w., podobnie jak w przypadku innych świątyń w regionieM. Kałamajska-Saeed, Cerkiew w Boćkach. Problemy rebizantynizacji [w:] red. D. Konstantynów, P. Paszkiewicz, Kultura i polityka.