Na początku lat 60. związek został rozbity i wyłoniły się z niej dwa odrębne związki religijne. W Warszawie wyodrębnił się Zbór Panmonistyczny, natomiast w Poznaniu – Jednota Braci Polskich – Unitarianie. W 1980 Jednota Braci Polskich – Unitarianie liczyła 12 wyznawców, w roku 1985 – 6 wyznawców. Zbór Panmonistyczny w 1960 roku liczył 15 wyznawców, w roku 1970 – 12, a w roku 1980 – 13 wyznawców.
Związek religijny początkowo był nazywany jako Kościół Braci Polskich. Zarejestrowany został przez władze komunistyczne dopiero w 1967, jako „Jednota Braci Polskich”Jednota Braci Polskich wiara.pl.
Dalsza historia i zbór wrocławski Po śmierci Śmiłowskiego krakowski ośrodek został zdominowany przez osoby interesujące się religiami Wschodu. Na czele wspólnoty stał Jan Hadyna (przedwojenny wydawca „Lotosa”), a następnie Franciszek Dąbrowski. Za sprawą Hadyny oraz Władysława Czapnika większość członków krakowskiego zboru przeszła w latach 70. do powstających w Krakowie gmin buddyjskich.