Niechętny Stefanowi Batoremu, występował w obronie Jana i Samuela Zborowskich.
Stanisław Szafraniec był rzecznikiem tolerancji religijnej i ograniczeniem uprawnień Kościoła katolickiego. Brał czynny udział w życiu małopolskiego kościoła protestanckiego. W latach 1550–1555 ufundował w swoich dobrach zbory kalwińskie w: Seceminie, Przegini, Sąspowie, Sułoszowej, Rogowie, Krasocinie, a po śmierci stryja Hieronima Szafrańca objął patronat nad zborem we Włoszczowie. W Seceminie ufundował przy zborze wyższą szkołę, w której bezpłatnie kształcili się mieszczanie secemińscy. Po śmierci reformatora Jana Łaskiego w 1560 podjął się opieki i wychowania syna Łaskiego – Samuela.
Jako przedstawiciel Korony Królestwa Polskiego podpisał akt unii lubelskiej 1569 rokuAkta Unji Polski z Litwą: 1385-1791, wydali Stanisław Kutrzeba i Władysław Semkowicz, Kraków 1932, s. 340..