16 marca 1916, w związku z reorganizacją administracyjną terenów Królestwa Polskiego pod okupacją niemiecką podczas I wojny światowej większą część gminy Zegrze (na zachód od Narwi) włączono do powiatu warszawskiego. Równocześnie do gminy Zegrze przyłączono wsie Budy Pobyłkowskie, Wólka Zaleska i Zalesie Borowe z gminy Gzowo w powiecie pułtuskim. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości w woj. warszawskim, Budy Pobyłkowskie, Wólka Zaleska i Zalesie Borowe zachowały przynależność do gminy Zegrze, jednak gminę Zegrze włączono z powrotem do powiatu pułtuskiego, gdzie została zintegrowana ponownie z jej wschodnionarwiańskimi terytoriamiWarszawski Dziennik Wojewódzki : dla obszaru Województwa Warszawskiego. 1933, nr 14, poz. 136.
W okresie międzywojennym gmina należała do województwa warszawskiego. 1 stycznia 1923 od gminy Zegrze odłączono ponownie Serock (wraz z 23 morgami gruntów rządowych między Serockiem a Fortami Napoleona), któremu przywrócono status miasta.