22 lipca 1942 rozpoczęła się wielka akcja wysiedleńcza mieszkańców getta do obozu zagłady w Treblince. Dwa dni przed tym wydarzeniem Kalman wygłosił swoje ostatnie kazanie.
Podczas powstania w getcie warszawskim Szapiro został deportowany do obozu w Trawnikach. Kilka organizacji żydowskich próbowało uwolnić z obozu wielu wybitnych ludzi w tym Kalmana. Szapiro na znak solidarności z innymi więźniami nie skorzystał z szansy uratowania się. Zginął prawdopodobnie 3 listopada 1943 kiedy rozstrzelano wszystkich więźniów obozu.
Kazania Kalman Szapiro spisał swoje nauki. Wraz z listem do jego brata i chasydów znajdujących się w Ziemi Świętej zostały one przekazane organizacji Oneg Szabat i zakopane wraz z resztą tzw. Archiwum Ringelbluma w metalowej bańce. Odnalazł je robotnik podczas prac budowlanych na terenie byłego getta. Dzięki temu można było je nie tylko wydać wraz z innymi dokumentami w 1960 roku w Izraelu w dziele zatytułowanym Esz kodesz (Święty ogień), ale również przetłumaczyć na wiele języków. Polskie wydanie wybranych kazań Szapiry ukazało się w 2006 rokuRabbi Kalonymus Kalmisz Szapira, ‘Święty ogień: Tora z lat 1939–1942, lat szału’, wstęp i wybór Witold Mędykowski, z tekstu hebrajskiego i angielskiego przełożył Ireneusz Kania, ZNAK, nr 611, (4) 2006, s.