Pozycja polityczna Balluku uległa wyraźnemu pogorszeniu, kiedy w latach 60. dokonano zasadniczych zmian w doktrynie obronnej Albanii. W 1961 Albania zerwała stosunki z ZSRR, swoim dotychczasowym sojusznikiem, a w 1968 wycofała się z Układu Warszawskiego. Podstawą nowego systemu obrony Albanii była idea wojny ludowej, która zakładała przekształcenie armii zgodnie z tradycją partyzancką. W opinii samego Envera Hodży Balluku miał opracować „czarne tezy” (alb. Tezat e zeza), przedstawiające zagrożenia dla bezpieczeństwa Albanii wynikające z wprowadzanych zmian.
Balluku został w 1974 pozbawiony stanowisk i internowany wraz z rodziną w Roskovecu. Stamtąd 17 września 1974 wysłał długi list do Envera Hodży, starając się wyjaśnić błędy, które popełnił jako minister obrony. Wkrótce potem aresztowany i skazany przez sąd wojskowy na karę śmierci za „zdradę stanu” i tworzenie tajnej organizacji wojskowej, przygotowującej zamach stanu. Wyrok Najwyższego Sądu Wojskowego zapadł 5 listopada 1975, w tym samym dniu prezydium parlamentu nie skorzystało z prawa łaski i w tym samym dniu Beqir Balluku wraz z grupą najbliższych współpracowników (Petrit Dume, Hito Çako) został rozstrzelany w Linzë, na przedmieściach Tirany przez oddział specjalny ministerstwa spraw wewnętrznych.