Najbardziej jest znany z tłumaczonego na wiele języków, m.in. na niemiecki i hebrajski, artykułu Polacy – Żydzi: czarne karty powstania z 1994 roku o mordach na Żydach dokonanych przez niektórych żołnierzy AK i NSZ podczas powstania warszawskiego. Po latach, w tekście opublikowanym w „Gazecie Wyborczej” w grudniu 2006 i w wywiadzie dla miesięcznika „Midrasz” z marca 2007 oraz dla „Dziennika” z lutego 2009 przyznał, że – choć artykuł opisywał potwierdzone fakty – jego druk w 50. rocznicę powstania był błędem. Skrytykował także polityczne zaangażowanie środowiska „Gazety Wyborczej”, pisząc, że w tym pokoleniowym konflikcie zamiast argumentów zaczęto wymieniać epitety a dziennikarzy zastąpili „cyngle”.
W roku 1995 związany ze środowiskami prawicy publicysta Leszek Żebrowski opublikował książkę Paszkwil Wyborczej, w której wypowiedział się co do zarzutów Michała Cichego w jego artykule z „Gazety Wyborczej” w sprawie mordowania Żydów przez niektórych żołnierzy AK i NSZ. Analiza materiałów historycznych, które Michał Cichy przytacza w swojej publikacji, miała wykazać, iż dopuścił się on wielu przeinaczeń i manipulacji.