Zaś alianci, choć są faktycznymi zwycięzcami w wojnie, sami będą musieli zmagać się ze zdradą i korupcją we własnych szeregach.
Tryb Commanders Challenge W Red Alert 3: Powstanie pojawił się nowy tryb o nazwie Commanders Challenge. Jest to blisko 50 misji do przejścia, gdzie trzeba wykonywać różne zadania, czasem nawet zabawne, aby odblokowywać kolejne jednostki (dla wszystkich trzech frakcji), które zasilą armię gracza podczas wykonywania kolejnych wyzwań. Każde z tych zadań będzie posiadało swój limit czasowy i każde następne zadanie będzie coraz trudniejsze. Podczas wykonywania tych zadań będzie można zmierzyć się z różnymi generałami znanymi z Red Alert 3 oraz kilkoma nowymi, m.in. Douglasem Hillem (Alianci) lub Verą Bielovą (Sowieci).
Strony konfliktu W Red Alert 3: Powstanie głównymi stronami konfliktu są dalej alianci i sowieci oraz Imperium Wschodzącego Słońca (Japonia), które pojawiło się po raz pierwszy w Red Alert 3. Każda z frakcji ma do swojej dyspozycji po dwie superbronie i swój tryb stawiania struktur.