W pracy naukowej zajmował się fizjologią roślin oraz mikrobiologią rolną, szczególnie biochemią i ekologią drobnoustrojów glebowych oraz wpływem biocydów na mikroflorę glebową. Ogłosił kilkanaście artykułów i komunikatów ze swoich badań, m.in. Zastosowanie metody głębinowej w hodowli azotobaktera („Acta Microbiologica Polonica”, 1956), Wpływ HCH i Chlordanu na mikroflorę gleby („Acta Microbiologica Polonica”, 1958). Był również współautorem kilkakrotnie wznawianych podręczników akademickich Fizjologia roślin (1948, ze Stefanem Gumińskim) i Mikrobiologia rolnicza (1955, z Karolem Zodrowem).

Duda należał m.in. do Polskiego Towarzystwa Biologicznego, Polskiego Towarzystwa Mikrobiologicznego, Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk. 19 maja 1959 wybrany został na rektora Wyższej Szkoły Rolniczej jako następca kończącego kadencję Kazimierza Gawęckiego, ale zmarł nagle już dwa tygodnie później, 2 czerwca 1959;