Kolejne znaleziska kopalnych nietoperzy pochodzą ze środkowoeoceńskich (47 mln lat) łupków z kopalni Messel koło Frankfurtu nad Menem w Niemczech. Opisano tam siedem gatunków nietoperzy z rodzajów: Archaeonycteris – niewielki nietoperz, mający krótkie skrzydła, latał dość wolno, w związku z czym polował na niewielkie, wolno latające owady, blisko ziemi lub w zaroślach. Z analizy skamieniałej zawartości żołądkowej wiadomo, że spożywał głównie drobne gatunki chrząszczy. Hassianycteris – największy nietoperz z Messel. Był bardzo sprawnym lotnikiem, żerował na otwartych przestrzeniach, polując na duże owady. Z analizy skamieniałej zawartości żołądkowej wiadomo, że spożywał głównie duże gatunki ciem i chrząszcze. Miał wąskie skrzydła. Palaeochiropteryx – niewielki nietoperz o krótkich skrzydłach, latał dość wolno, w związku z czym polował na niewielkie, wolno latające owady, blisko ziemi lub w zaroślach. Z analizy skamieniałej zawartości żołądkowej wiadomo, że spożywał głównie drobne gatunki ciem i chruściki. Tachypteron – najstarszy reprezentant rodziny Emballonuridae, owadożerny.