Ewolucja nietoperzy – badania genetyczne dowodzą, że nietoperze należą do kladu Laurasiatheria, który wyodrębnił się pod koniec późnej kredy na superkontynencie Laurazja. Najstarsze nietoperze znane są z wczesnego eocenu, są to jednak formy już dość silnie wyspecjalizowane i zbliżone do współczesnych. Dlatego uważa się, że muszą istnieć i formy starsze, choć dotychczas nieodkryte. Jednak badania genetyczne sugerują, że samo przejście od pierwotnych drobnych, czworonożnych, owadożernych laurazjaterów do wczesnoeoceńskich nietoperzy właściwych miało charakter bardzo szybki, być może skokowy.
W świetle powyższych danych, dawny pogląd o bliskim pokrewieństwie nietoperzy z lotokotami jest nieaktualny.
Odrzucono też hipotezę mówiącą o difiletyzmie nietoperzy i bliższym pokrewieńsstwie Megachiroptera z naczelnymi, niż z Microchiroptera.