Po tym pojedynku Jones miał półtoraroczną przerwę w boksowaniu. Na ring powrócił w marcu 2004 roku, nokautując już w pierwszej rundzie Luciano Torresa. W grudniu tego samego roku także w pierwszej rundzie znokautował Antonio Berroę. W kwietniu 2005 roku przegrał na punkty po niejednogłośnej decyzji sędziów z przyszłym mistrzem świata IBF Steve’em Cunninghamem.
Zaledwie półtora miesiąca później pokonał w czwartej rundzie Kelvina Davisa, a we wrześniu Wayne’a Braithwaite'a. Sędzia przerwał pojedynek z uwagi na dużą przewagę Jonesa i fakt, że Braithwaite nie zadawał żadnych ciosów. Kolejne dwa zwycięskie pojedynki Jones stoczył dopiero w 2007 roku, a 27 września 2008 roku, po pokonaniu przez techniczny nokaut w dziesiątej rundzie Firata Arslana, zdobył pas mistrzowski federacji WBA. Arslan co prawda nie był liczony, ale walka została przerwana przez sędziego z powodu bardzo mocnych rozcięć skóry na twarzy Niemca.
Jones dwukrotnie obronił mistrzowski tytuł. Najpierw 2 października 2010 roku pokonał przez techniczny nokaut w jedenastej rundzie Walerego Brudowa na skutek kontuzji Rosjanina. Rok później pokonał przez techniczny nokaut w szóstej rundzie Michaela Marrone.