W 2001 objął po raz pierwszy mandat deputowanego do Zgromadzenia Czarnogóry, w kolejnych wyborach do 2012 z powodzeniem ubiegał się o reelekcję. Od stycznia do kwietnia 2003 był doradcą premiera. Od marca 2003 do czerwca 2006 wchodził również w skład parlamentu Serbii i Czarnogóry. Od marca 2003 do lutego 2004 pełnił funkcję wiceministra spraw zagranicznych federacji.
16 lutego 2004 objął stanowisko ministra finansów w rządzie premiera Mila Đukanovicia. Zajmował je do 29 grudnia 2010, również w dwóch kolejnych gabinetach, którymi kierowali Željko Šturanović (2006–2008) oraz ponownie Milo Đukanović (2008–2010). Od 2008 dodatkowo sprawował urząd wicepremiera. W 2006 został mianowany z ramienia rządu Czarnogóry gubernatorem w Banku Światowym i Europejskim Banku Odbudowy i Rozwoju.
W grudniu 2010, po rezygnacji złożonej przez Mila Đukanovicia, został nominowany przez DPS kandydatem na urząd nowego premiera. 24 grudnia prezydent Filip Vujanović nominował go na stanowisko premiera i powierzył misję sformowania rządu.
29 grudnia 2010 Igor Lukšić przedstawił skład swojego gabinetu. Tego samego dnia uzyskał wotum zaufania od parlamentu.