Chociaż docenił wiele numerów i scen z opery, nie zostawił suchej nitki na ogólnej formie utworu i libretcie. Za życia Musorgskiego tylko jeden krytyk dostrzegł wszystkie walory dzieła: Baskin z gazety Petersburskij Listok podkreślał wyjątkowy talent autora w przekazywaniu uczuć bohaterów za pomocą muzyki, był pełen uznania zarówno dla orkiestracji, jak i dla partii wokalnych.
Również i współcześnie wśród najczęściej wymienianych zalet utworu jest jego oryginalność i siła wyrazu, jak również niezwykle bogato nakreślona postać tytułowa. Borys Godunow nie przestaje być jednak krytykowany za niespójną formę i niedostatki kompozytorskiej techniki w partiach orkiestrowych. Ponadto muzyczny konserwatyzm sprawił, że przez 75 lat od premiery wystawiana była nie oryginalna kompozycja Musorgskiego, ale „uładzona” wersja Rimskiego-Korsakowa (co zresztą dotyczy także innych prac Musorgskiego). Dopiero w drugiej połowie XX wieku krytyka muzyczna doceniła w pełni walory pierwotnej wersji opery. Dziś Borys Godunow wymieniany jest jako jedna z najlepszych, jeśli nie najlepsza opera rosyjska. Wystawiany jest w oryginalnym języku, chociaż – jak i w przypadku wielu innych czołowych dzieł operowych Rosji – były próby jej tłumaczenia na włoski, niemiecki i angielski.
Zmodyfikowane wersje thumb|left|Fiodor Szalapin jako Borys Godunow, 1913
Rimski-Korsakow