Rozgrywki Pucharu Litwy klub zakończył na 1/16 finału. 13 października 2012 roku zespół rozegrał w Warszawie mecz towarzyski z Polonią Warszawa na zaproszenie warszawskich kibiców. W następnym sezonie klub znalazł się na skraju bankructwa. Ostatecznie 9 kwietnia 2014 roku drużyna piłkarska Polonii Wilno została wycofana z rozgrywek I ligi litewskiej, co było równoznaczne z jej rozwiązaniem, przyczyną były problemy finansowe. Pozostawiono sekcję siatkówki kobiet.
Sukcesy 5. miejsce w 1 Lyga (II poziom rozgrywek na Litwie) – 2012/2013 1/8 Pucharu Litwy – 2011/2012
Stadion mały|Stadion LFF, na którym Polonia rozgrywała mecze Piłkarska Polonia nie posiadała swojego stadionu. Domowe mecze rozgrywała głównie na Stadionie LFF (dawny obiekt FK Vėtra). Sporadycznie Polonia też występowała na obiektach takich jak: Žalgiris (nieistniejący przedwojenny stadion na Pióromoncie z którego korzystała WKS Pogoń i Ognisko Wilno) czy Stadion Kalnų (przedwojenny stadion w parku Altaria z którego korzystał klub TS Wilia).