Na początku stycznia 2009 siły rebeliantów zostały odcięte od źródeł zapatrzenia, w tym żywności. Z tego powodu oddziały rebelianckie skierowały się w kierunku granicy z Republiką Środkowoafrykańską, gdzie wojska Resistance Army dokonały przegrupowania.
6 stycznia 2009 LRA zażądało wstrzymania operacji przeciwko swoim bojówkom i zaproponowano rozpoczęcie nowych rozmów pokojowych pod egidą ONZ.
17 stycznia rebelianci spalili żywcem wiernych w kościele w Dungu. Zginęło ok. 100 ludzi.
4 marca ugandyjskie wojsko schwytało Thomasa Kwoyelo, jednego z oficerów Armii Bożego Oporu (LRA). Kwoyelo był jednym z najbardziej poszukiwanych oficerów LRA.
15 marca 2009 armia ugandyjska rozpoczęła nagłe wycofywanie z terenów Demokratycznej Republiki Konga. Było to wynikiem osiągnięcia porozumienia z wojskami DRK, które przejęły odpowiedzialność za sytuację w Garambie i zobowiązały się do zapewnienia tam bezpieczeństwa. Podczas ceremonii przekazania odpowiedzialności, Sekretarz Generalny wojsk DRK gen. Didier Etumba Longila powiedział, że będą wspierać Ugandę w neutralizacji Armii Bożego Oporu.