Miał młodszego brata Waltera (1924–2021). Był wychowywany w ortodoksyjnej odmianie wyznania żydowskiego i w młodości spędzał codziennie dwie godziny na pilnym studiowaniu Biblii i Talmudu.
Jako dziecko Kissinger często spotykał się z przejawami antysemityzmu, będącego integralną częścią niemieckiego nazistowskiego nacjonalizmu zapoczątkowanego w następstwie porażki Niemiec w I wojnie światowej i twardych warunków traktatu wersalskiego z 1919. Kilka razy został pobity przez strażników stadionu, gdy będąc miłośnikiem piłki nożnej protestował przeciwko przepisom zabraniającym Żydom udziału w profesjonalnych imprezach sportowych, ponadto wraz z przyjaciółmi regularnie doświadczał przemocy ze strony lokalnych grup członków Hitlerjugend. Na porządku dziennym były także doświadczane w przestrzeni publicznej obelgi i wyzwiska.
Kissinger był nieśmiałym i introwertycznym dzieckiem. Mając dobre wyniki w nauce w lokalnej szkole żydowskiej marzył o kontynuowaniu nauki w Gymnasium, prestiżowej państwowej szkole średniej, jednak zanim osiągnął odpowiedni wiek, przestała ona przyjmować Żydów. W 1938 rodzina Kissingera w reakcji na coraz bardziej antysemicką politykę Niemiec podjęła decyzję o ucieczce do Stanów Zjednoczonych.