Rozpracowywaniem Solidarności Walczącej zajmowała się również enerdowska STASI w ramach Sprawy Operacyjnego Rozpracowania „Sycylia”. O poszczególnych działaniach była informowana sowiecka KGB.

Po aresztowaniu w październiku 1987 Kornela Morawieckiego funkcję przewodniczącego SW objął Andrzej Kołodziej, a gdy i jego aresztowano – Jadwiga Chmielowska. Codzienną działalnością SW kierowali w tym czasie Andrzej Zarach, Wojciech Myślecki i Zbigniew Jagielłło. W maju 1988 r. Morawiecki i Kołodziej zostali deportowani z Polski. Po odbyciu politycznej podróży do kilku krajów (Wielka Brytania, Francja, Włochy, USA) Morawiecki powrócił nielegalnie do Polski i do podziemia, ponownie obejmując przywództwo SW.

W roku 1989 SW sprzeciwiła się porozumieniu z komunistami, do którego przystąpiła część opozycji w Polsce („okrągły stół”), motywując to racjami moralnymi i politycznymi.

W 1990 spośród działaczy oraz środowiska Solidarności Walczącej powstała Partia WolnościSolidarność Walcząca.. Kandydat Partii Wolności na prezydenta, Kornel Morawiecki, po zgłoszeniu swej kandydatury nie zebrał wymaganych 100 tys. podpisów. W czasie telewizyjnej kampanii wyborczej przed kamerami telewizyjnymi demonstracyjnie wywrócił okrągły stół.