Innowacja w naukach historycznych opiera się nie tylko na nowej interpretacji znanych faktów, lecz również na wyciąganiu na światło dzienne faktów i źródeł nieznanych. Znamienną cechą metodologii naukowej Alvara jest ciągłe poszukiwanie nowych źródeł naukowych. Rzuca się to w oczy już w pierwszym jego opracowaniu (Relacje i listy, Antonio Péreza, sekretarza Filipa II), a ewidentne jest w najnowszych biografiach, które wyszły spod jego pióra (Izabela I Katolicka, Cervantes) oraz projekcie badawczym poświęconym protokołom z posiedzeń rady miasta Madryt w ostatnich dekadach XVI w.
Profesor Alvar uczestniczył w 18 projektach badawczych, był głównym wykonawcą 14 spośród nich. Jest wykładowcą Uniwersytetu Complutense, z jego inicjatywy utworzono także katedrę Współczesnej Historii Hiszpanii, w Quito w Ekawdorze, profesor Alvar prowadził tam gościnnie wykłady.
Alfredo Alvar jest aktywnym popularyzatorem nauki. Współpracuje i współtworzy liczne czasopisma naukowe. Prowadzi wykłady, prelekcje i seminaria.
Ważniejsze publikacje Najważniejsze spośród blisko dwudziestu książek to: