Został aresztowany i osadzony w zwyczajnym więzieniu, a po kilku tygodniach przeniesiony do więzienia specjalnego. Tam trzymano go w kajdanach założonych na nogi i ręce, w zupełnej ciemności i bez dostępu do książek. Stęchłe powietrze, ustawiczna wilgoć i mrok oddziaływały szkodliwie na młody organizm. Dla zapełnienia bezczynności, gdy było coś w celi widać, wyrabiał igły z kości i drutu siatkowego, wydobywał nitki z prześcieradła lub szpilką pisał na ścianie utwory poetyckie, co osłabiło mu już na stałe wzrok. W ciężkim więzieniu Szajnocha przebywał do połowy 1837S.M. Kuczyński, „Jadwiga i Jagiełło” Karola Szajnochy, [w:] K. Szajnocha, Jadwiga i Jagiełło 1374-1413. Opowiadanie historyczne, t. 1, Warszawa 1974, s. 10..
Jako politycznemu skazańcowi nie pozwolono mu kontynuować przerwanych studiów na uniwersytecieA. Wierzbicki, Poczet historyków polskich. Historiografia polska doby podzaborowej, Poznań 2014, s 66.. Wiedzę historyczną zdobywał więc jako samouk. Zarabiał na życie jako nauczyciel w prywatnych domach, był korektorem w redakcjach czasopism lwowskich: „Dziennik Mód”, „Lwowianin”, „Rozmaitości” (dodatku kulturalno-literackim do dziennika „Gazeta Lwowska”) i pomagał owdowiałej matce w prowadzeniu dzierżawy w ŻydaczowieS.M. Kuczyński, „Jadwiga i Jagiełło” Karola Szajnochy, [w:] K. Szajnocha, Jadwiga i Jagiełło 1374-1413.