W 1900 w prasie donoszono o Szczepaniku, określając go mianem najsłynniejszego rekruta armii austro-węgierskiej, jako że po wystąpieniu z zawodu nauczycielskiego został zobowiązany do odbycia trzyletniej służby wojskowej i mimo starań jej uniknięcia na początku października 1900 wstąpił do 45 pułku piechoty w Sanoku. W latach 1900–1902 odbywał służbę wojskową w Przemyślu, gdzie poznał swoją żonę Wandę z Dzikowskich, córkę lekarza powiatowego Zygmunta.
Od 1902 Szczepanik był związany z Tarnowem. W dniu 8 listopada 1902 r. w tarnowskiej bazylice katedralnej poślubił Marię Hiacyntę Wandę Dzikowską. W latach 1902–1906 małżonkowie przebywali głównie w Wiedniu. Od 1906 r. zamieszkali na stałe w Tarnowie. Miał pięcioro dzieci: Andrzeja (1904–1907), Zbigniewa (1906–1969), Bogdana (1908–1978), Bogusława (1912–1942) i Marię zamężną Zboińską (1914–2005). Jego wnukiem jest Jerzy Szczepanik-Dzikowski, znany architekt. Jan Szczepanik zmarł 18 kwietnia 1926 r. w Tarnowie.