W przeszłości istniało około 10 oddziałów miejscowych m.in. Pisz, Słupsk, Olsztyn, Gorzów Wielkopolski, Orneta, Lidzbark Warmiński, Sulęcin, Malbork, Dzięgielów, Barczewo w których działają Młodzieżowe Grupy Joannitów (MGJ), zespoły ratowników i Szkolne Służby Medyczne oraz 5 Oddziałów Regionalnych. JDP dzieli się w swojej strukturze na Zarząd, Prezydium i Zgromadzenie Członków. Propozycje kandydatów na członków Zarządu zostają wysunięte przez Prezydium, a wyboru dokonuje Zgromadzenie Członków. Kadencja trwa cztery lata. Zarząd ma prawo za pomocą uchwały wraz ze zgoda Prezydium tworzyć oddziały regionalne JDP na terenie Polski. Zadaniem Zarządu jest reprezentowanie Stowarzyszenia, zabezpieczenie działalności statutowej oraz rozporządzanie środkami mienia Stowarzyszenia na własną odpowiedzialność. Prezydium Stowarzyszenia składa się z Prezesa oraz czterech członków.
Historia