Strzępki warstwy korowej trzonu o szerokości 2–25 × 0,5–1,5 µm, często bardzo gęsto rozgałęzionych, z tendencją do tworzenia gęstych mas, często osadzonych w galaretowatej materii i trudnych do wyraźnego dostrzeżenia. Strzępki warstwy korowej trzonu o szerokości 2–4,5 µm, gładkie lub pokryte kilkoma rozsianymi naroślami, komórki końcowe o szerokości 3,5–9 µm, rozwidlone, rozgałęzione, na ogół z kilkoma grubymi naroślami do 13,5 × 5,5 µm. Sprzążki liczne w strzępkach wszystkich części grzyba. Gatunki podobne Grzybówkę bruzdowanotrzonową zazwyczaj można zidentyfikować na podstawie dużego rozmiaru, brązowawego do brązowawo szarego kapelusza i wzdłużnie rowkowanego trzonu. Czasami trzon jest uderzająco bruzdkowany, ale nadal nie zawsze jest to niezawodna cecha różnicowa, czasami zaś trzonek może być całkowicie gładki, chociaż często rozstępy będą widoczne na wierzchołku. Podobna może być grzybówka elastyczna (Mycena vitilis). Jest mniejsza i odróżnia się także innymi cechami; blaszek dochodzących do trzonu ma mniej niż 23, strzępki w trzonie zżelatynizowane, zarodniki większe i nie ma sprzążek.