Zgodnie z jego zamiarami został w 1883 roku wysłany na dalsze studia w Niemczech.

Studiował tam cztery lata pod kierunkiem Maxa von Pettenkofera (1818–1901), Roberta Kocha (1843–1910) i innych wybitnych naukowców w Lipsku, Dreźnie, Monachium i Berlinie. Zainteresował się wówczas także europejską literaturą, filozofią, teatrem i sztuką.

Doświadczenia i wiedza wyniesione z Europy pozwoliły mu na aktywne uczestnictwo w społecznych debatach dotyczących japońskiego przejścia do nowoczesności. Opowiadał się za krytyczną analizą zarówno tradycyjnej, jak i współczesnej wiedzy i starał się stworzyć globalną atmosferę naukową. Nie wahał się też atakować swoich przełożonych i medyczny establishment. Jako pisarz opublikował pionierskie prace, posługując się pseudonimem Ōgai. Pisał na tematy filozoficzne, zwłaszcza dotyczące estetyki. W 1889 roku założył własne pismo „Shigaramizōshi” („Więzy Literackie”, 1889–1894), opublikował swoje pierwsze poezje Omokage (Obrazy, 1889).

Po wybuchu wojny chińsko-japońskiej (1894–1895) Mori służył w Korei, Mandżurii i na Tajwanie. Jako lekarz był świadkiem walk w czasie wojny z Rosją (1904–1905).