Prawdopodobnym fundatorem opactwa był margrabia Jan IV, choć przeniesienie cystersów do obecnego Chorin zainicjował jeszcze za życia Jan I, który zmarł w 1266. Tłem historycznym był podział dynastii askańskiej na dwie linie (Ottońska – od margrabiego Ottona III, oraz linia jego brata Jana), a wraz z tym podział wpływów na terenie Marchii Brandenburskiej. Tereny Nowej Marchii przypadły Janowi I. Macierzysty klasztor Lehnin znajdował się w strefie wpływów linii margrabiego Ottona III, stąd też była konieczność założenia nowej fundacji klasztornej na terenie Nowej Marchii. Przeniesienie Cystersów było zatwierdzone w 1276 przez margrabiów ze starszej linii przez margrabiów Jana II, Ottona IV i Konrada I.
Budowa wielkiego założenia trwała na przełomie XIII i XIV w. Prawdopodobnie do 1280 r. zostało wzniesione prezbiterium oraz wschodnie skrzydło klasztoru, do 1300 r. trwały prace przy korpusie nawowym, zachodniej fasadzie i południowym skrzydle klasztornym, zakończono prace ok. 1319 r. W 1334 poświęcono ołtarz główny w kościele klasztornym oraz sześć kolejnych, co ma związek z zakończeniem budowy klasztoru. W opactwie oprócz kościoła i części monastycznej znajdował się przytułki dla ubogich i chorych, oraz tzw. sala książęca, miejsce zebrań margrabiów, oraz grafów. Klasztor Chorin w XIV w. cieszył się dużym prestiżem, m.in.