Występując w obu rolach − okrętu „polującego” oraz okrętu przeciwko któremu prowadzone są działania ZOP, uczestniczył w ćwiczeniach wzdłuż całego wschodniego wybrzeża USA, w okolicach Bermudów oraz Portoryko. Wczesną wiosną, a następnie jesienią 1966 roku, „Scorpion” prowadził operacje specjalne, w związku z którymi jego dowódca został odznaczony Navy Commendation Medal, za „wybitne przywództwo, dalekowzroczność oraz umiejętności zawodowe”. Wyróżnienia „za wybitne osiągnięcia” otrzymali także inni oficerowie jednostki. 1 lutego 1967 roku rozpoczął się remont „Scorpiona” w Norfolk Naval Shipyard, po przejściu którego − 15 lutego 1968 roku − okręt rozpoczął patrol na Morzu Śródziemnym, gdzie do maja operował z VI Flotą, po czym udał się w drogę powrotną na zachód. 21 maja 1968 roku „Scorpion” wysłał do dowództwa w Norfolk radiogram z informacją o swojej pozycji około 50 mil na południe od Azorów. Sześć dni później okręt uznano za spóźniający się, w związku z czym podjęto akcję poszukiwawczą, 5 czerwca okręt i jego załogę uznano za „prawdopodobnie stracone”, zaś 30 czerwca okręt wykreślono z listy jednostek US Navy. Wrak jednostki został odnaleziony w październiku 1968 roku przez statek oceanograficzny floty USNS „Mizar” (T-AGOR-11) 400 mil (ok.