Dzięki temu – mimo że pozostawał poza murami miasta – przetrwał aż do wojny północnej, gdy w 1704 został zdobyty szturmem i zniszczony przez Szwedów pod dowództwem Karola XII. Kolejna odbudowa nastąpiła w latach 30. XVIII w., wówczas ozdobiono wnętrze kościoła polichromią.
W 1783 w ramach reform józefińskich zostali usunięci z kościoła karmelici bosi (zakonnicy przenieśli się do klasztoru w Zagórzu), a wkrótce potem przejęli go karmelici trzewiczkowi, którzy rezydowali tu do drugiej wojny światowej. W tym czasie dobudowano wieżę po północnej stronie kościoła (1906, arch. Władysław Halicki), a także odbudowano barokowe hełmy wież.
W 1925 r. w klasztorze karmelitów został zamordowany przez psychicznie chorego duchownego ks. ppłk. Jan Idec, szef duszpasterstwa Dowództwa Okręgu Korpusu II w Lublinie.
Po drugiej wojnie światowej urządzono w budynku muzeum nauki i techniki. Obecnie należy do unickiego zgromadzenia studytów.
Zobacz też Kościół Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny i klasztor Karmelitów Trzewiczkowych we Lwowie
Przypisy