Pod kierownictwem Thomalli prace budowlane postępowały bardzo szybko, niemniej Globocnik nie był zadowolony z ich tempa. Pod koniec kwietnia 1942 roku powierzył stanowisko komendanta Sobiboru przybyłemu z Niemiec weteranowi akcji T4, SS-Obersturmführerowi Franzowi Stanglowi. Nowy komendant odbył w Lublinie wstępną rozmowę z Globocnikiem, po czym udał się do nieukończonego obozu. W wywiadzie, który udzielił Gitcie Sereny w 1971 roku, utrzymywał, że w tym czasie nie był mu jeszcze znany prawdziwy charakter „pracy”, którą miał wykonywać w okupowanej Polsce. Rzekomo dopiero po spędzeniu co najmniej kilku dni w Sobiborze miał udać się do Bełżca, gdzie tamtejszy komendant, a zarazem przyszły inspektor ośrodków zagłady akcji „Reinhardt”, Christian Wirth, objaśnił mu prawdziwe przeznaczenie obozu.
Jeszcze przed zakończeniem prac budowlanych zgładzono w Sobiborze co najmniej jeden transport z dystryktu lubelskiego. Przeprowadzono także kilka eksperymentalnych prób gazowania ludzi. Według Jicchaka Arada ich ofiarą padło około 250 Żydów przywiezionych z obozu pracy w Krychowie. Pierwsza próba prawdopodobnie miała miejsce na początku kwietnia. Najważniejszy i być może ostatni „eksperyment” odbył się natomiast na przełomie kwietnia i maja;