Kariera trenerska Po zakończeniu kariery piłkarskiej Marino rozpoczął pracę jako trener. Początkowo był szkoleniowcem klubu Milazzo, a następnie pracował w Ragusie oraz Paternò. W sezonie 2004/2005 Włoch był trenerem Arezzo i zajął z nim piętnaste miejsce w rozgrywkach drugiej ligi. Następnie Marino zastąpił Nedo Sonettiego na stanowisku szkoleniowca Catanii. Z sycylijską drużyną zajął drugie miejsce w Serie B i awansował do pierwszej ligi. W Serie A zadebiutował 10 września, kiedy to prowadzony przez niego zespół pokonał na wyjeździe Cagliari Calcio 1:0. Catania w 38 spotkaniach uzbierała 41 punktów i końcowej tabeli uplasowała się na trzynastej pozycji.
Latem 2007 roku Marino został trenerem Udinese Calcio, w którym zastąpił Alberto Malesaniego. Zaczął stosować ofensywne ustawienie 4-3-3, a zdarzało mu się nawet grać systemem 3-4-3. W sezonie 2007/2008 Udinese wywalczyło 57 punktów w 38 pojedynkach, zajęło siódme miejsce w Serie A i zapewniło sobie awans do Pucharu UEFA. Na początku ligowych rozgrywek 2008/2009 Udinese dopadł kryzys i „Zebrette” przez jedenaście meczów z rzędu zdobyli tylko trzy punkty. La Gazzetta dello Sport poinformowała, że jeśli Udinese nie wygra spotkania 21 kolejki z Juventusem, to prezydent klubu Giampaolo Pozzo zwolni Marino ze stanowiska trenera.