Za panowania Al-Mustansira (1036–1094) Fatymidzi pogrążyli się w kryzysie wewnętrznym, który doprowadził do przejścia rzeczywistej władzy w państwie w ręce kolejnych wezyrów. Jednocześnie kolejne kryzysy dynastyczne doprowadziły do wyodrębnienia się wśród ismailitów nieuznających władzy Fatymidów nizarytów i tajjibitów. Zagrożeni przez krzyżowców ostatni Fatymidzi zwrócili się o wsparcie do sunnickiego władcy Syrii Nur ad-Dina (1146–1174). Jednak przysłany przez niego dowódca, Saladyn, wykorzystał słabość dynastii do jej obalenia i przywrócenia panowania sunnizmu w Egipcie w roku 1171.

Nazwa i pochodzenie Dynastia wywodziła swoje pochodzenie od Fatimy, córki Mahometa, a konkretnie od jej syna z Alim Husajna i tym samym uważała się za Alidów. Dlatego przyjęła się dla niej nazwa Fatymidzi (Fatimijjun), chociaż zwolennicy dynastii nazywali ją też po prostu Alidami (ad-Daula al-Alawijja).