Władysława Węgorka, Pruszyński został z nominacji ministra rolnictwa dyrektorem Instytutu Ochrony Roślin. Funkcję pełnił do 2007. Po odejściu ze stanowiska dyrektora objął kierownictwo Zakładu Ekologii i Ochrony Środowiska Rolniczego w Instytucie. W 1990 otrzymał tytuł profesora. W 1995 jako visiting professor prowadził seminaria na Pennsylvania State University College of Agricultural Sciences.
W badaniach naukowych Stefan Pruszyński zajmuje się ochroną roślin – w tym praktyczną stroną tej ochrony, metodami biologicznymi oraz programami integrowanymi ochrony. Prowadził prace nad biologicznymi metodami walki ze szkodnikami upraw szklarniowych, m.in. z wykorzystaniem roztocza Phytoseiulus persimilis Athias-Henriot (dobroczynka szklarniowego). Doprowadził do wdrożenia i spopularyzowania biopreparatów bakteryjnych. Zajmował się także walką ze stonką ziemniaczaną, w tym problemem uodparniania się stonki na środki ochrony roślin. W ramach ochrony zbóż badał skuteczność biedronkowatych (Coccinellidae) w zwalczaniu mszyc. Prowadził także prace dotyczące ubocznych skutków stosowania środków ochrony roślin oraz postępowania ze środkami nieprzydatnymi (np.