Poznał się tam z Dimitrije Ljoticiem. Po wyjeździe kierownictwa NTS z Belgradu utworzył miejscowy oddział organizacji. We wrześniu 1944 r., kiedy do Belgradu zbliżały się wojska sowieckie i jugosłowiańskie, ewakuował się do Niemiec. Wstąpił do Sił Zbrojnych Komitetu Wyzwolenia Narodów Rosji, dostając stopień kapitana (później awansował na majora). Został zastępcą naczelnika oddziału sanitarnego sztabu Sił Zbrojnych KONR. Wiosną 1945 r. D. Ljotić zaproponował gen. Andriejowi A. Własowowi, aby oddziały Sił Zbrojnych KONR połączyły się w górach Jugosławii z Serbskim Korpusem Ochotniczym. Aleksandr R. Trusznowicz został wysłany w składzie delegacji do miejsca przyszłego spotkania. W Tyrolu dowiedział się o kapitulacji III Rzeszy. Został osadzony przez Francuzów w obozie dla jeńców wojennych. Francuzi uznali go za oficera Waffen-SS i przeznaczyli do rozstrzelania. Jednakże ciężarówka, którą był przewożony w miejsce wykonania kary śmierci, miała wypadek. Ciężko ranny A.R. Trusznowicz trafił do szpitala polowego. Po wyleczeniu osadzono go w obozie dla rosyjskich uchodźców pod Salzburgiem. Następnie został przewieziony do obozu NTS dla uchodźców we wsi Mönchehof pod Kassel. Pełnił w nim funkcję głównego lekarza. Jednocześnie działał znowu w NTS jako członek jej rady i wyższego sądu honorowego. Współpracował z wydawnictwem „Посев”.