thumb|Dzień sportu w maju 2014 roku W Szkole Podstawowej nr 1 pozostało 1162 uczniów. Jej dyrektorem został Henryk Górecki, który kierował nią do 1999 roku. W 1995 roku uroczyście obchodzono kolejną rocznicę, tym razem 50-lecia istnienia Szkoły Podstawowej nr 1. Z tej okazji na pierwszym piętrze budynku wmurowano tablicę pamiątkową. W 1996 roku placówka zdobyła Puchar Burmistrza Miasta Kłodzka za zajęcie I miejsca wśród kłodzkich szkół podstawowych pod względem liczby laureatów w konkursach przedmiotowych województwa wałbrzyskiego. Od września 1999 roku nowym dyrektorem szkoły została mgr Wanda Kręgielewska.
Gimnazjum nr 1 (1999-2017) W 1999 r. dokonano reformy ustroju polskiego szkolnictwa wprowadzając szczebel pośredni między szkołą podstawową a szkołą średnią w postaci gimnazjum. Jedno z trzech publicznych kłodzkich gimnazjów umiejscowiono w gmachu kłodzkiej „jedynki”. Przez pierwsze lata obie szkoły współistniały koło siebie. Jednocześnie nie przyjmowano nowych uczniów do podstawówki umożliwiając kontynuację ostatniemu rocznikowi (urodzeni w 1991 roku). Lata 2003/2004 były ostatnim rokiem szkolnym w historii Szkoły Podstawowej nr 1. Istniały tylko 3 klasy liczące łącznie 66 uczniów, którzy byli ostatnimi jej absolwentami.