Wraz z życzliwie wspierającą go za życia małżonką spoczywa na cmentarzu ewangelickim w wiedeńskim Simmeringu.
Był członkiem znanych towarzystw naukowych: Heraldisch-Genealogische Gesellschaft Adler w Wiedniu (od 1912 roku), Herold – Verein für Heraldik, Genealogie und verwandte Wissenschaften w Berlinie-Dahlem (członek-korespondent od 1939 roku) i Muzejní spolek w Brnie (od 1929 roku).
Nazwisko Josefa Pilnáčka jest znane każdemu genealogowi i heraldykowi w Europie Środkowej, głównie dzięki dwóm obszernym, rzetelnie opracowanym zbiorom genealogii szlachty Moraw i Śląska. Ów naukowiec amator, tytan kwerend i pracy badawczej, prawdziwy czeski patriota, znany z wielkiej życzliwości dla ludzi, jest dziś jednym z częściej cytowanych genealogów z i w tej części kontynentu.
Publikacje Śląsk Rody starého Slezska (wyd. 1 niepełne, 1969–1973; wyd. 2, t. 1–5, 1991–1998; wyd. 3, 2010) – kompendium genealogii i heraldyki przeszło 2000 rodów śląskich do połowy XVIII wieku Genealogie Podstatských z Prusinovic (wyd. 1 czes., 1929) Genealogie der Familie Podstatzky von Prusinowitz (wyd. 2 niem., 1936;