Dorobek badawczy Pilnáček wykonał szeroko zakrojoną, tytaniczną wręcz pracę poszukiwawczą na Morawach, Śląsku, w Czechach i Austrii, gromadząc olbrzymi zasób informacji o zawartości i dokumentację wielu tysięcy zespołów archiwalnych (w centralnych, miejscowych, kościelnych i rodowych zbiornicach), bibliotek naukowych i historycznych, kolekcji muzealnych, czy prywatnych zbiorów mniejszości czeskiej w Austrii. Mając niebywałe rozeznanie w zasobach źródeł historycznych i kulturowych i biegłość badawczą, napisał i opublikował po czesku, niemiecku i nawet po polsku łącznie kilkadziesiąt artykułów w uznanych czasopismach naukowych (m.in. w warszawskim „Miesięczniku Heraldycznym”) oraz prac wydanych własnym nakładem, jak i mnóstwo rozproszonych przyczynków o charakterze popularyzatorskim. Były to głównie prace genealogiczne i heraldyczne poświęcone szlachcie i mieszczaństwu oraz dziejom i kulturze krajów Korony Czeskiej. Kilka książek poświęcił historii rodzinnych stron, opracował też i wydał drukiem genealogię własnego rodu. Przygotował również w języku polskim opracowanie oparte na nieznanych dotąd źródłach pt. Rycerstwo polskie na Morawie w XV–XIII wieku, które pozostało w rękopisie.