Szlachta podejmowała próby usunięcia Niemców drogą negocjacji, jednak stanowczy sprzeciw Jana Kazimierza wobec rokowań bez jego udziału sprawił, że porozumienia nie osiągnięto.
Na początku lipca 1657 pod Poznań nadciągnęło zebrane wcześniej pod Kaliszem pospolite ruszenie z Wielkopolski. Oblężenie trwało niemal dwa miesiące. Brandenburska załoga skapitulowała dopiero 28 sierpnia ze względu na głód i brak nadziei na odsiecz. Zrujnowane miasto zostało złupione następnie zarówno przez niezdyscyplinowaną szlachtę, jak i nieopłacone wojsko komputowe.
Kolejną falę zniszczeń przyniósł przemarsz posiłków przysłanych przez cesarza dla walczącego w Prusach Królewskich Jana Kazimierza. Ogółem podczas potopu liczba ludności zmalała o 30-40%, a dzieła zniszczenia dopełniła epidemia dżumy, która wybuchła w 1654, a swoje żniwo zbierała przez cały ten okres.
Pomimo tak znacznych zniszczeń (na przedmieściach liczba pustych parceli i ruin kilkakrotnie przewyższała liczbę budynków zamieszkanych jeszcze w 1693), Poznań nadal pozostał jednym z głównych ośrodków politycznego życia w kraju.