Jednocześnie od 1940 pracował w Państwowym Instytucie Naukowym Gospodarstwa Wiejskiego w Puławach, gdzie pod kierunkiem Stanisława Minkiewicza i Jana Ruszkowskiego konkretyzował swoje przyszłe zainteresowania naukowe. Zaraz po wojnie powrócił na studia i w 1946 uzyskał dyplom ich ukończenia, pozostając jednocześnie asystentem w instytucie puławskim. Objął tam także kierownictwo Oddziału Ochrony Roślin. W 1948 na Uniwersytecie Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie obronił rozprawę doktorską na temat fauny pędraków chrabąszczy (Melolontha spp.), otrzymując stopień naukowy doktora nauk zoologicznych. Pracował na Wydziale Rolniczym UMCS, a także w Szkole Głównej Gospodarstwa Wiejskiego był kierownikiem Zakładu Entomologii Stosowanej (dostęp: 27 stycznia 2009)..
W 1951 Państwowy Instytut Naukowy Gospodarstwa Wiejskiego został zlikwidowany, a w jego miejsce utworzono Instytut Ochrony Roślin z kilkoma ośrodkami na terenie całego kraju. Jeden z ośrodków umiejscowiono w Puławach i Węgorek objął jego kierownictwo, zarazem pełniąc funkcję kierownika Pracowni Badania Szkodników Roślin Przemysłowych.