23 maja 2018 roku Unai Emery został ogłoszony nowym szkoleniowcem Arsenalu, przejmując klub po trwającej 22 lata erze Arsene’a Wengera. Celem nowego szkoleniowca Kanonierów stał się awans do Ligi Mistrzów. Pomóc w tym mieli sprowadzeni zawodnicy: bramkarz Bayeru Leverkusen Bernd Leno, obrońca Borussii Dortmund Sokratis Papastatopulos oraz pomocnik Lucas Torreira z UC Sampdoria. Pierwszy mecz z Emerym w roli trenera Arsenal przegrał 0-2 z Manchesterem City. W pierwszej połowie sezonu drużyna zajmowała miejsca 4-5. W przerwie zimowej Unai Emery nie mógł liczyć na kolejne wzmocnienia, udało się jedynie wypożyczyć z Barcelony młodego Denisa Suáreza. W drugiej części sezonu Arsenalowi szło lepiej – zespół zajmował w tabeli ligowej pozycje 3-4. dające prawo gry w Lidze Mistrzów. Seria porażek odniesiona na finiszu rozgrywek m.in. z Evertonem i Brighton, ostatecznie zepchnęła londyńczyków na 5. miejsce w Premier League, niedające awansu do Ligi Mistrzów (do miejsca 4. zabrakło Kanonierom 1 punktu, a do 3. pozycji – 2 punktów). Swoje doświadczenie Emery wykorzystał w Lidze Europy, w której po raz czwarty w karierze udało mu się osiągnąć finał, po drodze pokonując Valencię CF, SSC Napoli, Stade Rennais. W finale Arsenal zmierzył się z inną drużyną z Londynu – Chelsea.