Unai Emery rozpoczął pracę w Paryżu 28 czerwca 2016 roku podpisując dwuletni kontrakt z opcją przedłużenia. Głównym celem Paris Saint-Germain F.C. było wygranie Ligi mistrzów UEFA, w czym miał pomóc pucharowy geniusz Emery’ego Początek zapowiadał się obiecująco – w debiucie zdobył Superpuchar Francji po pewnym zwycięstwie 4:1 nad Olympique Lyon, a w lidze wystartował od wygranej z Bastią (1:0). Szybko jednak pojawiły się problemy. Drużyna grała w kratkę – po zaledwie 7 kolejkach miała na koncie dwie porażki, a na półmetku sezonu (po 18 rundach) zajmowała dopiero 3. miejsce w tabeli Ligue 1, notując więcej przegranych spotkań niż podczas całego poprzedniego sezonu ligowego. Odpadła z Ligi Mistrzów po historycznym blamażu. W 1/8 finału PSG zachwyciło świat, pokonując w pierwszym meczu pokonując FC Barcelonę 4:0. W rewanżu na Camp Nou paryżanie przegrali 1:6 i odpadli z rozgrywek. W rozgrywkach Ligue 1 stracili tytuł mistrzowski na rzecz znakomicie dysponowanego AS Monaco. Sezon udało się częściowo uratować na krajowym podwórku zdobywając Puchar Ligi (wygrana w finale z Monaco 4:1) oraz Puchar Francji (zwycięstwo 1:0 z Angers SCO), kończąc rozgrywki z trzema trofeami.