Poza podstawową geologią, a także geologią inżynierską, badał wystąpienia tam rud niklu, manganu, miedzi, żelaza i złota.
Następnie badał okolice jeziora Onega, gdzie w guberni ołonieckiej poszukiwał złóż antracytu. Opracował mapę geologiczną badanych rejonów; obliczył też zasoby i właściwości technologiczne antracytów. Odkrył nowy minerał węglowy: szungit.
W latach 1878–1879 prowadził badania geologiczne na Ukrainie, sporządził pierwszą szczegółową mapę geologiczną tego obszaru. W okolicy Berdiańska odkrył złoża rudy żelaznej koło góry Korsak Mogiła.
Rozpoczął też wówczas badania złóż rud żelaza na Ukrainie, w okolicach Krzywego Rogu, nad Ingulcem. Jego praca Opis geologiczny okolic Krzywego Rogu z 1880 dostarczyła pierwszych wiarygodnych danych o złożach krzyworoskich i posłużyła za podstawę do dalszych badań w tym terenie.
W 1880 został skierowany do guberni kieleckiej dla poszukiwania złóż soli w jej południowej części. Badania zakończył negatywną oceną perspektyw solonośności tego terenu.
W 1881 francuskie Towarzystwo Akcyjne Krzyworoskich Rud Żelaza uzyskało koncesję na eksploatację tam złoża rud żelaza i w 1882 zatrudniło Stanisława Kontkiewicza na stanowisku dyrektora kopalni.